Operativne funkcije sprovodi Stub Misije za operativnu podršku, koji zadržava ograničene rezidualne kapacitete kao druga instanca za bezbednosni odgovor i pruža podršku operativnom razvoju Policije Kosova za kontrolu mase i nemira. Konkretno, EULEX-ova Specijalizovana policijska jedinica (SPJ), koju čini 105 poljskih policajaca, deluje kao druga instanca za bezbednosni odgovor na Kosovu, kao deo troslojnog mehanizma za bezbednosni odgovor, u okviru kojeg je Policija Kosova prva instanca za bezbednosni odgovor, EULEX druga, a Misija KFOR pod vođstvo NATO treća instanca za bezbednosni odgovor. U svojoj ulozi druge instance za bezbednosni odgovor, EULEX-ova SPJ može da se angažuje samo na izričit zahtev prve instance za bezbednosni odgovor, kako bi doprinela održavanju i unapređenju javnog reda i bezbednosti u slučajevima građanskih nemira, kako bi se zaštitilo pravo svih zajednica na Kosovu na bezbednost, život i imovinu. U svrhu spoznaje situacije, SPJ sprovodi mobilne izviđačke patrole 24/7, radeći u smenama. SPJ redovno učestvuje u vežbama kontrole mase i nemira zajedno sa Policijom Kosova i KFOR-om. Cilj tih vežbi je da se osigura nesmetana koordinacija između tri instance za bezbednosni odgovor u slučaju raspoređivanja u stvarnim situacijama.
EULEX takođe pruža podršku Policiji Kosova na polju međunarodne policijske saradnje, olakšavajući razmenu informacija između Policije Kosova i Interpola, Europola ili Ministarstva unutrašnjih poslova Srbije. Od 15. juna 2018. do 14. juna 2025. godine EULEX je primio i podneo 1,871 zahtev u vezi sa razmenom informacija između Policije Kosova i Ministarstva unutrašnjih poslova Srbije u skladu sa protokolom o policijskoj saradnji dva entiteta. Misija takođe olakšava razmenu informacija između Nacionalnih centralnih biroa Interpola i Jedinice Policije Kosova za međunarodnu koordinaciju pod okriljem Interpolove Kancelarije za vezu u UNMIK-u. Od juna 2018. do 14. juna 2025. godine članovi Misije EULEX koji rade u UNMIK Kancelariji za vezu sa Interpolom primili su i podneli 14,645 zahteva.
Da bi članovi porodica nestalih lica ostvarili svoje pravo da saznaju istinu, forenzički stručnjaci EULEX-a nastavljaju da rade rame uz rame sa svojim lokalnim kolegama u Institutu za sudsku medicinu (ISM) i drugim relevantnim institucijama, na rasvetljavanju sudbine nestalih lica u vezi sa sukobom na Kosovu, bez obzira na okolnosti njihovog nestanka, njihovo etničko, versko ili nacionalno poreklo ili bilo koju drugu karakteristiku.
EULEX pruža ekspertizu i savete u identifikaciji tajnih ili neobeleženih grobnica i ekshumaciji i identifikaciji žrtava koje su prijavljene kao nestale u periodu od 1. januara 1998. do 31. decembra 2000. godine, kao posledica rata na Kosovu tokom 1998-1999. godine.
Od početka EULEX-ovog mandata do 14. juna 2025. godine, EULEX je sproveo 873 terenskih operacija za pronalaženje ostataka nestalih lica, uključujući 219 ekshumacija. Identifikovani su posmrtni ostaci 543 pojedinaca, uključujući 370 nestalih lica.
Pored toga, stručnjaci EULEX-a pomažu ISM u pregledu neidentifikovanih posmrtnih ostataka u mrtvačnici u Prištini.
Misija takođe pomaže Specijalizovanim većima Kosova i Specijalizovanom tužilaštvu Kosova, pružajući logističku i operativnu podršku u skladu sa relevantnim kosovskim zakonodavstvom
Pored toga, Misija nastavlja da upravlja svojim sopstvenim programom zaštite svedoka.
